האבחנה של אטמות הוושט הינה לפי:

ריור מרובה מפי היילוד.

חוסר יכולת העברת זונדה לקיבה.

צילום חזה המוכיח זאת.

בנוסף :

פגות ומשקל נמוך בשליש מהמקרים.

בטן תפוחה מאויר רב בקיבה.

דחק נשימתי במקרה שכבר ארעה אספירציה.

מומים נוספים בחצי ויותר מיילודים אלו.